教育委員会制度について政策レベルで現在につながる改革論議が公になされたのは、臨時教育審議会だった。
1986年（昭和61年）に第2次答申「教育行財政改革の基本方向」において、教育委員会の現状を次のように厳しく言及した。
「近年の校内暴力、陰湿ないじめ、いわゆる問題教師など、一連の教育荒廃への各教育委員会の対応を見ると、各地域の教育行政に責任を持つ『合議制の執行機関』としての自覚と責任感、使命感、教育の地方分権の精神についての理解、主体性に欠け、二十一世紀への展望と改革への意欲が不足しているといわざるを得ないような状態の教育委員会が少なくないと思われる。」
その上で、改革の方向性として
教育委員の人選・研修
教育長の任期制・専任制（市町村）
苦情処理の責任体制の確立
適格性を欠く教員への対応
小規模市町村の事務処理体制のあり方
知事部局等との連携
について提言している。
翌年には、臨教審の流れを受けて教育委員会の活性化に関する調査研究協力者会議が発足し、教育委員会活性化方策が検討された。その内容は、
教育委員会の選任
教育長の選任（市町村教育長の専任化と教育長の任期制の導入）
教育委員会の運営
事務処理体制のあり方
地域住民の意向等の反映
首長部局との連携
等の項目について具体策が提案された。この会議は、臨教審には無い、3.教育委員会の運営や4.事務処理体制のあり方、5.地域住民の意向等の反映など、教育委員会の職務遂行上の実践的・日常的な運営について重点が移っている。市町村教育長の専任化と教育長の任期制の導入などの提案は、実現こそしなかったものの、地方教育行政の在り方に関する調査協力者会議や政府の地方分権推進委員会においても教育委員会の改革が検討された。
1996年（平成8年）からは、地方分権推進委員会において検討が進められた。5次に渡る勧告において、委員会は、国と地方との関係について、機関委任事務の廃止と必置規制や補助金等の個別事項についての見直しに言及した。教育委員会関係では、教育長の任命承認制度の廃止、文部大臣と都道府県教委・市町村教委との関係の見直し等の勧告が出され、地方分権推進計画が閣議決定された。
翌年の1997年（平成9年）には、21世紀に向けた地方教育行政の在り方に関する調査研究協力者会議が発足し、
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学校と教育委員会の関係
国、都道府県、市町村の関係
地域住民と教育委員会・学校との関係
教育委員会の事務処理体制
地域コミュニティの育成と地域振興
の柱に沿って地方教育行政制度の見直しに当たっての論点を整理した。
中教審自体も1998年（平成10年）に「今後の地方教育行政の在り方について」答申を行い、2000年（平成12年）の地方分権一括推進法成立による地方教育行政法の一部改正では、
教育長の任命承認制度の廃止
指導等に関する規定の見直し
都道府県の基準設定の廃止
を行った。これにより、教育委員会の裁量で少人数学級の編成が可能になったり、教育長の選任は、首長が任命した教育委員の中から行うようになったりした。
2000年（平成12年）の教育改革国民会議でも、
教育委員の構成の多様化や保護者の参加
会議の公開の原則
などを報告し、2年後の2002年には法改正も実現している。このように、教育行政改革は、内閣が直属の諮問機関を設け、主導する形で改革の方向性を示し、それを受けて文科省・中教審が対症療法的に政策を検討する形で展開されている。
2006年7月、政府は、市町村の教育委員会に関する規制緩和で、文化・スポーツに関する事務などの権限を首長に移譲できる構造改革特区の設置をめざす方針を決め、「骨太の方針」（2006年「経済財政運営と構造改革に関する基本方針」）を閣議決定した。方針は「教育委員会制度については、十分機能を果たしていない等の指摘を踏まえ、教育の政治的中立性の担保に留意しつつ、当面、市町村の教育委員会の権限（例えば、学校施設の整備・管理権限、文化・スポーツに関する事務の権限など）を首長へ移譲する特区の実験的な取組を進めるとともに、教育行政の仕組み、教育委員会制度について、抜本的な改革を行うこととし、早急に結論を得る。」とする。
しかしながら、北海道滝川市におけるいじめ自殺事件をめぐる教育委員会対応に対する世論の批判の高まりを受け、教育再生会議において、機能の強化を図ることが検討されている。